Comme dans la ville de Fès, les eaux usées de l'agglomération de Kénitra étaient rejetées après un traitement de base dans la rivière Sebou et finalement, à 5 kilomètres en aval, dans l'océan Atlantique. La nouvelle station de traitement de Kénitra transforme les eaux usées en eau d'irrigation saine. La moitié des besoins énergétiques de la station est récupérée par la digestion des boues.

Pour limiter les coûts d'exploitation, le potentiel énergétique des boues excédentaires est exploité dans 2 réacteurs anaérobies. Dans des conditions anaérobies, la pollution organique est transformée en méthane. Après désulfuration, le biogaz propre alimente des unités de cogénération, produisant la chaleur nécessaire pour maintenir le processus de digestion dans les réacteurs, ainsi que de l'électricité pour récupérer une partie des besoins énergétiques de la station.

La valorisation du biogaz permet de mieux contrôler la dépendance au réseau. La digestion des boues permet de récupérer jusqu'à 40 % des besoins en électricité de la station.